1996年8月，南安市實施機構改革，南安市檔案局與南安市檔案館合并，改為市委直屬正科級事業(yè)單位，保留檔案局牌子。2000年11月經(jīng)批準，局（館）列入?yún)⒄諊夜珓諉T制度管理范圍，內設辦公室、監(jiān)督指導科和管理技術科三個科室，現(xiàn)有干部職工11人。南安市綜合檔案館新大樓于2001年12月竣工，座落于南安市柳新路市委、市政府機關大院內，大樓共七層，總建筑面積6200平方米，館庫面積3720平方米，建成檔案密集架200立方米，各庫房還配置火災自動報警、滅火、去濕、空調等設備，達到防潮、防高溫、防污染、防光、防塵、防蟲、防霉、防雷、防震和防盜等“十防”要求，確保檔案的安全。館內配有電腦、激光打印、復印、照像、刻錄等辦公設備。